Category: коронавирус

Category was added automatically. Read all entries about "коронавирус".

child pic

Статистика смертности от ковида, 2020

Обновленные картинки из октябрьских постов https://mi-b.livejournal.com/312897.html и https://mi-b.livejournal.com/312403.html

1. Несколько выбранных стран, траектории подтвержденных случаев и смертей. В октябре в Британии и США только начиналась вторая волна. Сейчас она во многих странах завершилась, но в Британии быстро сменилась куда худшей третьей, видимо, из-за мутации вируса. Смертность от ковида в Британии быстро приближается к максимуму, достигнутому весной.

covid_uk_traj_522020.png

2. Избыточная смертность и смертность от ковида, Англия и Уэльс данные до конца 2020 года, так что пика смертности последних 10 дней не включают. Понедельная смертность, ушедшая за лето ниже исторического уровня, поднялась обратно с открытием школ в сентябре. Не-ковидная смертность ниже исторических уровней, несмотря на переполнение госпиталей.

covid_xsm_uk_522020.png

3. Кумулятивная нековидная смертность за весь 2020 на нижней границе 5-летнего диапазона.

covid_xsmtotal_uk_522020.png
child pic

разнообразие-2

В Британии на этой неделе начали вакцинацию от коронавируса вакциной Пфайзера. Сначала вакцинируют самых пожилых и пациентов домов престарелых, заодно вакцинируют и медицинских работников в контакте с ними и работников домов престарелых. Особой общественной дискуссии по поводу того, с кого начинать, я не заметил. Вопрос, в принципе не вполне очевидный: если нужно спасать максимум жизней, то нужно начинать с пожилых, а если нужно останавливать инфекцию как можно скорее, то можно было бы начинать с тех, кто по работе максимально контактирует с другими, типа учителей (школы в Британии, в отличии от США, все открыты очно с сентября) и водителей автобусов. Но с приоритетом спасения жизней, вроде бы, никто в Британии не спорит, во всяком случае публично.

В США вакцинация начинается на несколько недель позже - потому что американский регулятор почему то думал над одобрением той же вакцины на несколько недель дольше британского. Порядок вакцинации буду определять, видимо, штаты, но по рекомендации CDC и дискуссия уже идет. И дискуссия эта идет вовсе не про выбор между спасением жизней и остановкой эпидемии:

https://www.nytimes.com/2020/12/05/health/covid-vaccine-first.html
Historically, the [independent committee of medical experts that advises the C.D.C. on immunization practices] relied on scientific evidence to inform its decisions. But now the members are weighing social justice concerns as well.

Что же говорят эти эксперты?
Одни считают, что надо давать вакцину ключевым работникам прежде чем старикам потому что
“To me the issue of ethics is very significant, very important for this country, [...] and clearly favors the essential worker group because of the high proportion of minority, low-income and low-education workers among essential workers.”

Другие, в принципе, согласны, но хотят сузить группу ключевых работников, исключив из нее учителей, потому что
“Teachers have middle-class salaries, are very often white, and they have college degrees,”

Третьи хотят оставить учителей, потому что они смотрят за детьми ключевых работников, которые
“And if you think generally about people who have jobs where they can’t telework, they are disproportionately Black and brown."

Но в целом многие согласны, что стариков жалеть не надо потому что они, если прямо, в основном белые и уже достаточно пожили:
“Older populations are whiter [...] Society is structured in a way that enables them to live longer. Instead of giving additional health benefits to those who already had more of them, we can start to level the playing field a bit.”


В принципе, то, что противоположные точки зрения по конкретным вопросам аргументируются отсылками к одним и тем же, в данном случае, расистским, принципам, неудивительно, так и полагается, когда в обществе есть официальная идеология. Удивительна мне тут незавершенность, которая, наверное, вызвана тем, что идеология эта победила только что, в последние несколько лет. Если мы считаем, что группа людей А более достойна прививки, чем группа людей В, и мы можем легко отличить людей А от В, то базовые принципы справедливости требуют, чтобы прививка давалась, по возможности, людям из А, а не из В. Выбирать группы людей С и D, скоррелированные с A и В, и давать прививки людям из C потому что они чуть более скоррелированы с A, и не давать прививки людям из D, потому что они чуть больше скоррелированы с В - аморально. Поэтому совершенно непонятно, почему эти эксперты по этике не говорят, что прививать надо в первую очередь просто негров и прочие меньшинства, или, возможно, только пожилых негров или только негров учителей - ведь из их аргументов следует именно это. А они почему то хотят наказывать всех стариков и всех учителей за то, что среди них чуть больше среднего белых.

В целом, непонятно еще, насколько эта дискуссия теоретическая, потому что желающих прививаться может оказаться в разных группах относительно немного. Но направление дискуссии очень интересное.
child pic

Ковид в головах

Пресса:
https://www.nber.org/papers/w28110
We analyze the tone of COVID-19 related English-language news articles written since January 1, 2020. Ninety one percent of stories by U.S. major media outlets are negative in tone versus fifty four percent for non-U.S. major sources and sixty five percent for scientific journals. The negativity of the U.S. major media is notable even in areas with positive scientific developments including school re-openings and vaccine trials. Media negativity is unresponsive to changing trends in new COVID-19 cases or the political leanings of the audience. U.S. major media readers strongly prefer negative stories about COVID-19, and negative stories in general. Stories of increasing COVID-19 cases outnumber stories of decreasing cases by a factor of 5.5 even during periods when new cases are declining. Among U.S. major media outlets, stories discussing President Donald Trump and hydroxychloroquine are more numerous than all stories combined that cover companies and individual researchers working on COVID-19 vaccines.

Результат:
https://www.kekstcnc.com/media/2793/kekstcnc_research_covid-19_opinion_tracker_wave-4.pdf
В опросах, когда в пяти странах у людей спрашивали, сколько людей в их стране уже умерли от вируса, средний ответ в каждой стране переоценивал смертность в 100 раз (в Британии, Швеции, и Франции), в 225 раз в США, в 300 раз в Германии. Количество случаев тоже переоценивали, даже по сравнению с консервативными оценками, но меньше, в Британии всего в 4 раза, в остальных 4 странах в 20-50 раз.

Такая разница в переоценке смертности и инфицированности неудивительна, потому что люди в среднем не понимают, в какой степени Ковид ударил прежде всего по очень пожилым людям: в другом опросе, медианный британский респондент считал, что средний возраст умершего от Ковида в Британии 65 лет (на самом деле 82, при средней продолжительности жизни в 81.)

Еще поразительно, что заметное и быстро растущее меньшинство в каждой стране считало, что правительства должны больше думать про экономику, чем про эпидемию (28%-40% в зависимости от страны, причем 40% - во Франции). Причем это на в точности той же выборке, в которой смертность преоценивали в 200 раз, не представляю себе, насколько жестче была бы эта же точка зрения, если бы эти люди не переоценивали настолько смертность.
child pic

длинный текст про ущерб от КОВИД - 3

начало, вторая часть

5. Общая смертность. Сложности с различением "с" и "от" и с определением обеих, и трудность вычисления YLL/QALY означают, что интересна статистика общей смертности от всех причин. Это довольно грубая метрика в том смысле, что если по какой-то причине происходит большое число смертей, оно может быть незаметно на фоне общей смертности. Зато эта статистика может наблюдаться почти напрямую и свободна от многих предположений, которые требовались для более прямых статистик ущерба, описанных выше.

Стандартизованные отклонения смертности от средних значений за предыдущие годы публикуются европейским проектом МОМО здесь: (Я уже давал здесь ссылку на этот график весной.) Эти отклонения НЕ то же самое, что число смертей и могут быть мало сравнимы между странами.

Для Англии и Уэльса доступна и исходная статистика по неделям, с задержкой недели на 3. Там же дается и статистика за прошлые годы, и смертнось "от" ковида. Я нарисовал смерти по неделям и накопленные смерти за год, получилось вот что:

covid1.png

covid2.png


Опять же, из первой картинки видно, что сейчас в Англии и Уэльсе общая смертность практически не отклоняется от диапазона предыдущих лет. Из второй картинки видно, что, в целом, недоучета смертей от Ковида в этих двух странах нет. Смертность без ковида скакнула вверх весной - это могло произойти по двум причинам 1) тогда недоучитывали смерти от ковида или 2) паника с закрытием госпиталей, когда ждали (непроизошедшего) переполнения госпиталей и отменяли операции и химиотерапии убила самых уязвимых, которые в обычный год бы умерли через 3-6 месяцев. Возврат зеленой прямой на втором графике к середине исторического диапазона заставляет меня думать, что верно второе объяснение.
child pic

длинный текст про ущерб от КОВИД - 2

продолжение, начало тут

4. Потерянные годы. Однако если число смертей "от" ковида и отличает ковид от огурцов и насморка, высокое число смертей "от" еще не доказывает действительную большую опасность и вредность ковида по сравнению с каким-нибудь гриппом. Представим себе гипотетическую болезнь М, поражающую людей за 3 минуты до смерти от любых причин и убиваюшую их на минуту быстрее. Число смертей "с" М будет 100% от всех смертей или около 1% населения в год, число смертей "от" М будет зависеть от способа записи причин смерти но тоже будет очень высоким. Ничего хорошего в этой гипотетической болезни М, конечно, нет, однако совершенно неочевидно, что эта болезнь страшнее гриппа, который, все таки, уносит тысячи реальных жизней каждый год.

Проблема это, разумеется, не новая, поэтому во всем мире уже давно используют другие статистики для измерения вреда от эпидемии или пользы от программ профилактики и лечения. Эти статистики успешно позволяют отличить ковид и грипп и от огурцов, и от насморка, и от гипотетической болезни М. С нынешней эпидемией, они тоже вычисляются как-то и кем-то, но обычно не доходят не то что до заголовков, а и до текстов статей и выступлений политиков. Эти метрики пытаются измерить ущерб от болезни годами потерянных жизней (YLL) или еще дополнительно учитывают как-то падение качества жизни от несмертельных болезней (QALY). Недостаток этих метрик - в том, что их куда труднее посчитать и они требуют оценки контрафактуальной оценки длительности жизни каждого умершего без болезни.

Ковид отличается от других болезней возрастным распределением смертей - он намного опаснее для пожилых людей и людей с хроническими заболеваниями. Этим он похож на болезнь М и поэтому ущерб от него существенно переоценивается статистиками, которые игнорируют YLL. Для некоторых стран есть работы, оценивающие YLL. При этом качество работ иногда ужасающее. Вот, например, статья, широко подхваченная прессой , автор профессор из Harvard Medical School посчитал, что КОВИД привел к потерям 2.5м лет жизни в США на начало октября. Вот еще такая же. (ссылки от bbb отсюда, я немного уточнил ниже свои вычисления из комментариев там.) Обе работы предполагают, что каждый умерший от ковида имел среднюю продолжительность жизни для своего пола и возраста, так что, в лучшем случае, дают большую переоценку, а, в худшем, раздувают бессмысленную истерику.

Известно, что смертность от ковида сильно коррелирует не только с возрастом, но и со многими хроническими синдромами. Вот тут показано на довольно большой выборке (ключевая таблица вот: https://www.bmj.com/content/bmj/371/bmj.m3731/F1.large.jpg), что многие сами по себе сильно снижающие ожидаемую продолжительность жизни синдромы увеличивают вероятность смерти ок ковид в 3-30 раз (хуже всего пациентам с иммунодефицитом и синдромом Дауна). Обитание в доме престарелых повышает риск в 3.6 раза (видимо, потому что часто коррелировано с кучей разных проблем.) Возможно, из этих исходных данных и таблиц смертности от каждого из синдромов можно получить более корректную оценку YLL, однако я таких статей не видел. Прикинуть даже примерно только по этой таблице, вроде, нельзя, потому что в таблице уже сделана поправка на возраст и пол.

Чтобы оценить на коленке, как коморбидности влияют на YLL от ковид, можно посмотреть на подмножество умерших, которые жили в домах престарелых. Во многих странах они составляют существенную долю умерших от ковид (50% в Швеции, 50% в Бельгии, 80% в Канаде, 30%-40% в США). Если сфокусироваться на США, для которых YLL оцениваются в статьях, залинкованных выше, то известна статистика для обитателей этих домов престарелых без всякой эпидемии: медианный обитатель умирал через 5 месяцев после попадания в дом престарелых, а средний - через 13 месяцев, средний возраст попадания в nursing home в США - 83 года. В этом возрасте средний житель США может ожидать прожить еще 7.5 лет. Если смертность от ковида для обитателей домов престарелых была бы некоррелирована с их прочей смертностью, то использование оценки по всему населению переоценивает их YLL в 7.5/(13/12) = 7 раз. Если смертность от ковида полностью коррелирована с другими причинами смертности, то умершие от ковида были среди тех 50%, кто умер быстрее, чем за 5 месяцев после попадания в дом престарелых и их YLL переоценена, как минимум, в 7.5/(5/12)=18 раз (а то и в 40.) Чтобы эти переоценки на порядок (!) не влияли на сильную переоценку YLL по всему населению, нужно, чтобы у остальных 60% пожилых жертв ковида была совсем удивительная высокая ожидаемая продолжительность жизни до вируса. Это маловерятно, потому что коморбидности ковида к разным факторам нам известны и из исследований, сделанных в больницах, а не домах престарелых.

Эти оценки YLL сильно занижают потери от всей нынешней ситуации, посколько отложенные потери YLL от безработицы, депрессии, падения качества образования, отмены операций могут и превышать потери просто от вируса. Но эти потери - стоимость локдауна. Важный вопрос - что было бы без локдауна и при другой стратегии локдауна, покрыла бы экономия на этих факторах возможно большие потери YLL от вируса.

Если оценивать YLL так, как обычно их оценивает британское здравоохранение NHS, то даже при нереально щедрых оценках потерянных от вируса лет жизни, ни при каком разумном сценарии локдауны не окупаются. Другой способ посчитать баланс убытков и спасенных YLL такой: пусть мы оцениваем один год YLL в K GDP per capita. NHS использует К около 1, но можно считать, что правильнее, скажем, К=5. С нынешними локдаунами Британия потеряла 50к человек, или чуть меньше 0.1% населения. Если в среднем один терял 5 лет жизни, то это потери в 0.5%*К от ВВП. Тогда если без локдауна число YLL было бы в N раз больше, то потери были бы 0.5%*К*N. Нынешние потери в 10% годового ВВП, которыми явно дело не кончится, оправданы если N>4. Я лично не думаю, что потери от вируса в Британии могли бы быть настолько выше - они не были настолько выше ни в Бразилии, ни в Швеции, ни во многих бедных странах, где локдаунов по европейским образцам, по разным причинам, не было.
child pic

длинный текст про ущерб от КОВИД - 1

Я давно уже собирал разные данные про ковид и написал про этом несколько комментариев, сейчас дошли руки поделиться наблюдениями в одном месте. Заодно и проверим, насколько ЖЖ работает для таких текстов. В фейсбуке, видимо, выложить такое уже невозможно технически.

1. Положительные тесты. С ковидом в новостных заголовках сейчас, в первую очередь, используется число положительных тестов. Ростом этого статистического показателя политики оправдывают самые разные ужесточения ограничительных мер. Проблемы этой статистики очевидны - 1) она бурно растет с ростом числа делаемых тестов, 2) если бы мы публиковали число положительных тестов на насморк, мы могли бы вообще любые кривые рисовать, меняя интенсивность тестирования, однако эти кривые не были бы основаниями ни для каких административных мер.

2. Смерти "с". Другая, чуть менее популярная статистика для заголовка - число смертей с Ковидом. Разумеется, в заголовках никогда нет места для того, чтобы отличить эту статистику от числа смертей от Ковида. Обычно места для указания на различия не находится и в текстах статей. Число смертей "с" плохо тем, что число смертей с поеданием огурцов или чисткой зубов в анамнезе за месяц до смерти еще гораздо выше, но (пока) не служит обоснованием не то что для закрытия ресторанов и театров, но и даже для запрета огурцов.

3. Смерти "от". Число смертей "от" Ковида вычисляется, видимо, не во всех странах, и определяется по-разному в тех странах, где вычисляется. В Британии, например, вычисляется три разных статистики - смерти с положительным тестом на ковид в течении 28 дней до смерти (дневная серия, таких на 9 октября в Великобритании было 43к), с ковидом упомянутым на сертификате смерти (недельная серия с 3 недельной задержкой, таких в Великобритании было на 9 октября 58к), и с ковидом, как главной причиной смерти на сертификате (такая статистика собирается нерегулярно (!) , но ее можно извлечь (!) из отчетов Public Health England за последние несколько месяцев, получается в разные месяцы процентов на 10%-30% ниже, чем предыдущая метрика.)

Вот картинка (clickable), на которой показаны число положительных тестов, число смертей "от" ковида (вроде бы, во втором определении, но не уверен про все страны), и эти две величины одна против другой для нескольких стран. Везде число положительных тестов и смертей нормализованы на численность населения, данные от John Hopkins University CSSE, усреднение за 7 дней и картинки мои. Первая картинка объясняет, почему во многих странах снова паника и разные степени локдауна. Вторая - почему основания для беспокойства в некоторых местах есть, и почему в Швеции и России жизнь посвободнее.

covid3.png

Третья картинка показывает, почему ранние оценки смертности от Ковида были завышены на порядок-полтора. На этой картинке, наклон прямой из (0,0) в каждую точку графика соответствует делению числа смертей на число положительных тестов на ту же дату, а движение по прямой из (0,0) - росту или падению числа смертей при постоянном числе смертей на положительный тест. Это частное - не то же, что смертность, потому что никто из людей с положительными тестами еще не попали в статистику смертей того же дня. Чтобы посмотреть на смертность, нужно делить число смертей на число болеющих за некоторое время до дня смерти. Если смертность от ковида примерно постоянна, а число положительных тестов меняется больше от развития эпидемии, чем от увеличения количества тестов, то при разумном значении сдвига траектории будут двигаться по прямым через (0,0). Я попробовал самые разные сдвиги от 7 дней до 28 и оказалось, что ближе всего к прямым мы оказываемся, когда сдвиг равен 0. То есть, видимо, количество тестов просто так растет с количеством смертей, что число положительных тестов больше отражает этот рост числа тестов, чем рост заражения. Вот, например, картинка, на которой показано число смертей против числа тестов за 21 день до - никаких прямых.

covid4.png

Зато видны горизонтальные участки в Бразилии (коричневый) и США (красный), когда число положительных тестов выросло в разы без роста смертности через 21 день.

TBC
child pic

временные меры

Разные меры по борьбе с эпидемией могут быть более или менее эффективными или более или менее нам понятными. Однако, сдается мне, очень многие из этих мер переживут первый пик этой эпидемии, потом переживут второй, а потом так с нами и останутся.

Так обычно происходит с разными мерами обеспечения безопасности. После 9/11 прошло 18 лет: Бин Ладена убили; Аль Каеда успела стать важным союзником цивилизованного человечества в Сирии, которого вооружили тоннами ливийского и болгарского оружия и прикрыли НАТОвской артиллерией. Талибан успели разгромить, победить, победить еще раз, а потом ему капитулировать. А ограничения на летающих самолетами так и остались, почти без послаблений.

Так что думая про каждый очередной карантин того или сего, надо помнить, что многие из этих карантинов с нами не до изобретения вакцины от CoVid19, а навсегда.